Sistem izvještavanja u okviru Reformske agende je višeslojan i ključan za praćenje napretka i obezbjeđivanje finansijske podrške iz EU fondova. Postoje dvije osnovne linije izvještavanja: prema nacionalnom koordinatoru i prema Evropskoj komisiji.
Izvještavanje prema koordinatoru odvija se na mjesečnom nivou, gdje resorna ministarstva dostavljaju podatke o realizaciji aktivnosti i ispunjenju kvantitativnih koraka, uz odgovarajuće dokaze. Koordinator zatim objedinjene informacije analizira i priprema kumulativni izvještaj koji omogućava uvid u napredak, kašnjenja i izazove u implementaciji. Ovaj sistem omogućava kontinuirani nadzor i pravovremeno reagovanje.
Izvještavanje prema Evropskoj komisiji odvija se prvenstveno kroz polugodišnje zahtjeve za isplatu sredstava, koji sadrže pregled ostvarenih reformskih koraka, procjene njihove ispunjenosti i prateću dokumentaciju. Pored toga, pripremaju se i godišnji izvještaji o ukupnom napretku, kao i dodatni izvještaji po potrebi.
Proces evaluacije zasniva se na provjeri tačnosti i pouzdanosti dostavljenih podataka, kroz analizu dokumentacije, administrativne provjere i, po potrebi, kontrole na licu mjesta. Evropska komisija ima ključnu ulogu u ocjeni uspješnosti implementacije, dok je ispunjenje definisanih koraka direktno povezano sa odobravanjem i isplatom finansijskih sredstava.